ДНК-генеалогия от А до Т - Страница 13

Такая же картина наблюдается и для гаплотипов всех гаплогрупп от В до Т. Например, растояние от гаплогруппы С до A0 составляет 357 тысяч лет, до A0a1 – 300 тысяч лет, и так далее. Но расстояние от В до С составляет всего 120 тысяч лет, то есть их общий предок жил примерно 60 тысяч лет назад. Это находится в полном соответствии с картиной, что гаплогруппа В образует единый кластер с гаплогруппами от В до Т, и не является по происхождению «африканской» гаплогруппой.

Видимо, уже всем ясно, что гаплогруппа В не образовалась из какой-либо гаплогруппы категории А (нет гаплогруппы А как таковой, есть A00, A0-Т, A0, A1, A1a, A1b и так далее), а все они ведут свое начало от общего предка. Этот общий предок жил примерно 160 тысяч лет назад, как уже было упомянуто выше. Гаплогруппа A00 осталась в известном смысле тупиковой, нисходящие от нее субклады и прочие ДНК-линии неизвестны. A0-Т прошла своими снипами как к африканцам, так и к неафриканцам, как показано выше, поскольку образовалась еще до разделения на африканскую и неафриканскую ветви. Разделение на эти ветви соответствует временам непосредственно до образования гаплогрупп A0 и A1, причем A0 ушла в Африку, A1 осталась вне Африки. Впоследствии носители многих гаплогрупп мигрировали в Африку, например, A1a и нижестоящие субклады, A1b1 и нижестоящие субклады, поэтому их снипов у нас нет, как описано выше.

Все это описано в статье, опубликованной еще в 2012 году, и которая, кстати, набрала рекордное количество просмотров (более 99 тысяч) и скачиваний (более 22 тысяч). Номенклатура в этой иллюстрации несколько устаревшая, в ней нет гаплогруппы A00, которая в 2012 году была неизвестной, но суть ее остается правильной. Гаплогруппа альфа – это условная гаплогруппа, от которой пошло разделение эволюционного Y-хромосомного дерева человечества на африканскую (слева) и неафриканскую линии. В настоящее время все гаплогруппы от В до Т, то есть гаплогруппы неафриканского происхождения, сходятся к условной же бета-гаплогруппе, которой на самом деле является сводная гаплогруппа ВТ. Загадка – куда делась связка между альфа– и бета-гаплогруппой, протяженностью в сто тысяч лет? И, кстати, куда делись африканские ДНК-линии, которые на левой части диаграммы полностью экстраполированы, от общих предков всего от тысячи до нескольких тысяч лет давности, вглубь времен?

Со времени публикации той статьи прошло уже несколько лет, в базах данных и в Проектах с тех пор накопилось много гаплотипов, в том числе протяженных, 111-маркерных, и появилась возможность проверить количественные выводы статьи. То, что расхождение африканской и неафриканской ДНК-линий произошло примерно 160 тысяч лет назад, мы уже проверили. Перейдем ко времени жизни общего предка всех неафриканских гаплогрупп от В до Т. На рисунке – дерево гаплотипов этих гаплогрупп. Оно построено по 111-маркерным гаплотипам, и сами гаплогруппы показаны по окружности дерева. Для каждой из 18 гаплогрупп использовали 10–25 гаплотипов, взятых произвольно из выборки, всего 403 гаплотипа в 111-маркерном формате. Гаплогруппы категории А на дереве не оставили, так как они явно «вылезали» из кругового дерева, поскольку, как мы уже показали, они удалены по мутациям от всех других гаплогрупп.

Y-хромосомное дерево человечества. Дерево построено из 403 гаплотипов в 111-маркерном формате, содержащим суммарно 44733 характерных чисел (аллелей). Эти 403 гаплотипа распределялись расчетной программой (PHYLIP) по принципу похожести и генеалогического соответствия, и образовали серию ветвей, которые, как оказалось, соответствуют наиболее многочисленным гаплогруппам человечества, от В до Т, указанным при ветвях. Расчет по числу мутаций показал, что общий предок гаплогрупп от В до Т жил примерно 63 тысячи лет назад. Это почти точно совпадает с рассчитанной ранее величиной 64 ± 6 тысяч лет.

Видно, что все гаплогруппы от В до Т образуют достаточно единую систему ДНК-линий (выраженную здесь через 111-маркерные гаплотипы), так что про некую «африканскую гаплогруппу В» говорить не приходится.

403 гаплотипа в 111-маркерном формате, то есть почти 45 тысяч аллелей – это крепкий орешек, если считать вручную. Более того, за десятки тысяч лет в них накапливаются десятки тысяч мутаций, помимо того, огромное количество возвратных мутаций, что делает 111-маркерную систему такой древности неустойчивой, и неприемлемой для расчетов, поскольку датировки значительно занижаются. Поэтому для данных случаев разработана 22-маркерная панель из самых «медленных» маркеров. Они настолько устойчивы во времени, что для всех 403 гаплотипов за десятки тысяч лет маркер DYS472 вообще не мутировал ни разу, DYS436 – всего 30 раз, DYS590 – 42 раза, и так далее. Сравните – маркер DYS390 за это же время должен мутировать 2270 раз, то есть в среднем 5.6 раз на гаплотип. При таких частотах мутации расчет вклада обратных мутаций уже практически невозможен, система нестабильна.

А вот «медленная» 22-маркерная панель с малыми скоростями мутаций позволяет проводить расчеты на десятки и сотни тысяч лет вглубь, и даже на миллионы лет, как было показано выше на примере расчета времени жизни общих предков человека и шимпанзе. Более того, разработанный калькулятор Килина-Клёсова проводит расчеты по каждому маркеру отдельно и не требует введения поправок на возвратные мутации. В итоге ДНК-генеалогия получила незаменимый метод расчета массивных серий гаплотипов в любом формате и любой древности общего предка’. Расчет дерева из 403 гаплотипов, приведенного выше, показал, что общий предок гаплогрупп от В до Т жил примерно 63 тысячи лет назад (результат без округления – 63036 лет, что, конечно, с такой точностью совершенно излишне). Это почти точно совпадает с рассчитанной ранее величиной 64 ± 6 тысяч лет.